A jusante da barragem de Juturnaíba tem inicio o baixo curso do rio São João, cujo leito natural se estende por 65 km até a foz. Todavia, com os canais artificiais construídos pelo DNOS, as águas agora percorrem 38,5 km, sendo 25 km em canal reto e 13,5 no leito natural, entre o Morro de São João e a foz.
As vazões no trecho são controladas em grande parte pelas descargas do vertedouro da barragem de Juturnaíba, acrescido dos deságües dos rios Aldeia Velha, Indaiaçu, Lontra e Dourado, cujas nascentes estão em serras com elevada precipitação. Os afluentes da margem direita nascem nas colinas com pequena altitude em Araruama e Cabo Frio, em zona onde a precipitação é bem menor. Por esta razão, seus caudais pouco contribuem com o volume de água escoado, a exceção da vala do Consórcio.
Ao pé da barragem, presencia-se uma situação inusitada. Para escoar as águas liberadas pelo vertedouro e atuar como coletor principal de todas as valas e drenos da baixada, o DNOS rasgou na planície um canal reto com 24,5 km, que se desenvolve entre a barragem e um meandro do rio situado em frente ao morro de São João. O dreno artificial, que será chamado daqui por diante como “canal do DNOS”, é capaz de escoar um volume de 730 m3/s, atingindo, no trecho final, a capacidade de 820 m3/s. Como conseqüência, o curso do rio São João que parte da extremidade oposta da barragem, a 2,6 km ao sul do canal do DNOS, foi abandonado como via principal de escoamento, ficando a míngua no segmento inicial.
O canal do DNOS é composto por três segmentos retilíneos. O primeiro e mais curto, sai em frente ao vertedouro e alonga-se por 2 km no sentido leste. O subseqüente parte do fim do primeiro e prolonga-se por 7 km na direção nordeste, recebendo na extremidade final uma vala que coleta as águas dos rios Aldeia Velha e Indaiaçu. Ambos constituem o limite sul da Reserva Biológica de Poço das Antas.
O último segmento, um retão de 15,5 km, segue no rumo leste e termina no leito natural do rio São João junto ao pé do Morro de São João, na localidade de Porto do Morro, onde terminam os efeitos da maré. Coleta no trajeto os leitos retificados dos afluentes e dezenas de valas construídas pelos fazendeiros.
Ao longo do caminho, o “retão” decepa os meandros do rio São João em vários momentos, criando pelo menos três grandes ilhas, duas ao norte do canal e uma ao sul. A primeira, que pode ser chamada de ilha Porto Pacheco, situa-se entre a antiga foz do rio Indaiassu e o deságüe do rio Morto. A segunda, aqui denominada como ilha do rio Preto, fica localizada em frente à desembocadura do rio Lontra. Ambas pertencem a Cabo Frio. A terceira e maior vai da foz do rio Camarupi até a localidade de Porto do Morro e pertence a Casemiro de Abreu.
Enquanto isso, anêmico a partir da barragem, o curso natural do rio São João segue sinuoso com sentido geral nordeste até a confluência com o rio Aldeia Velha, constituindo o limite entre os municípios de Silva Jardim e Araruama. É atravessado na extremidade pelo segundo segmento do canal do DNOS pouco antes do citado encontro fluvial. Neste trecho, recebe pela margem direita o córrego do Ramiro e algumas valas pequenas que evitam que fique seco, além da alimentação hídrica subterrânea. Em frente à localidade de Porto Sobara, o rio tem cerca de 15 a 40 m de largura e um baixo nível de água, evidenciado as conseqüências da perda hídrica. As águas são barrentas e as margens têm árvores esparsas. Em alguns pontos aparenta estar bastante assoreado.
Após a confluência do rio Aldeia Velha, o São João aumenta o tamanho de seus meandros, gira para assumir o rumo geral leste e segue serpenteando pela baixada até a foz, fazendo o limite entre os municípios de Casemiro e Cabo Frio. O leito natural funciona como um conduto auxiliar de drenagem da baixada, posto que foi sobrepujado pelo canal do DNOS. Logo no início, o rio é atravessado pelo canal do DNOS próximo a desembocadura da vala do rio Aldeia Velha. Rio abaixo recebe pela margem esquerda a antiga vala de escoamento do rio Indaiaçu, pouco a montante da localidade de Porto Pacheco. Após esta, chegam no São João os rios Morto e Lontra, o canal do Amir, os rios Preto e Camarupi, as valas do Consorcio e Jacaré e o rio Dourado.
Em linhas gerais, entre a foz do Aldeia Velha e o morro do São João, o rio São João tem margens planas com remanescentes de brejos e matas ribeirinhas, correndo as águas com baixíssima velocidade. O leito é arenoso e as águas relativamente limpas.
Seguindo adiante, o rio faz uma curva passando rente ao sopé do Morro de São João e, pouco depois, recebe o deságüe final do canal do DNOS pela margem direita. Daí até a o oceano são mais 13,5 km e oito curvas em zigue-zague, agora sob influência da maré e com manguezais ocupando trechos de ambas as margens. Passa a receber pela margem esquerda, as valas da Ponte Preta, dos Meros e do Medeiros e pela margem oposta, a vala da Pedra, que antigamente ligava-o com os brejos da bacia do rio Una, e por fim o rio Gargoá.
Afluentes a Jusante da represa JuturnaíbaA jusante da represa destaca-se pela margem esquerda os rios Aldeia Velha, Indaiaçu, Lontra e Dourado e as valas da Ponte Grande, dos Meros e do Medeiros e, pela margem direita, o córrego do Ramiro, os rios Morto e Camarupi, as valas do Consórcio, Jacaré e Pedras e o rio Gargoá.
Nasce na serra de Boa Vista, a 1.000m de altitude. Trata-se do mais importante afluente do baixo curso do rio São João, constituindo o limite natural entre os municípios de Silva Jardim e Casemiro de Abreu. Os primeiros sete quilômetros do rio são feitos em montanha, com direção geral sudoeste, sendo acompanhado pela estrada vicinal SJ-023. No final deste percurso atravessa a vila de Aldeia Velha, onde deságua pela margem esquerda o rio dos Quartéis, e inflecte seu leito para sudeste. Adiante faz uma curva e ganha o sentido sul, recebendo o ribeirão dos Quarenta de Baixo. Cruza a BR-101 e passa a constituir o limite oeste da Reserva Biológica de Poço das Antas. Pouco a jusante, nele desemboca o córrego Ipiabas e o rio Preto. Cerca de 5 km a jusante da confluência do rio Preto, faz uma curva fechada e toma rumo leste em busca do rio São João. Deste ponto em diante foi escavada uma vala com 5 km que segue reta até o canal do DNOS, substituindo o leito natural na função de escoar as águas do rio Aldeia Velha. Contudo, o antigo leito, que serpenteava no meio de um grande brejo hoje parcialmente drenado, persiste com alguma água. Seus afluentes são, pela margem direita, o rio dos Quartéis e Preto e, pela margem esquerda, o ribeirão dos Quarenta de Baixo e o córrego Ipiabas, O rio dos Quartéis nasce em montanhas a 4 km a oeste da vila de Aldeia Velha, a 600m de altitude. Deságua no rio principal dentro da vila. Tem como tributário o córrego do Sertão. O rio Preto nasce e tem seu curso integralmente na Reserva Biológica de Poço das Antas, desaguando no Aldeia Velha a jusante da BR-101. O rio dos Quarenta de Baixo desce da serra da Pedra Branca e deságua no Aldeia Velha a montante da BR-101. Tem como contribuinte o rio dos Quarenta de Cima. O córrego Ipiabas nasce a noroeste da cidade de Casemiro de Abreu. Atravessa a BR-101 faz um giro para oeste e desemboca no Aldeia Velha.
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