As terras das aldeias, legalmente concedidas em sesmarias aos índios desde o século XVI, até como um atrativo para aceitarem o descimento, foram arrendadas e aforadas, com a justificativa de que os rendimentos provindos do negócio aumentariam o patrimônio indígena. Entretanto, várias irregularidades foram encontradas nestas negociações. Muitos foreiros e arrendatários não pagavam o valor estipulado nos contratos, isso quando os responsáveis pela guarda dos bens dos índios não desviavam as verbas arrecadadas com a renda da terra.
As irregularidades nos processos de arrendamento e aforamento das terras indígenas foram registradas em todas as aldeias do litoral fluminense, desde os primeiros momentos. Na aldeia de São Lourenço, por exemplo, arrendatários e foreiros apossaram-se rapidamente dos terrenos das aldeias, apoderando-se deles fraudulentamente. "Um século não se tinha passado depois que se fundara a aldeia de São Lourenço e já as usurpações escandalosíssimas se sucediam com espanto", anota um observador atento. Na aldeia de São Barnabé, em fins do século XVIII, os diretores responsáveis pela aldeia são acusados, num documento da época, de roubar o patrimônio indígena.
Com a revogação, em 1798, do Diretório Pombalino, inaugurou-se o último período da história das aldeias do Rio de Janeiro. A mesma Carta Régia que tornou nulo o Diretório, emancipou os índios aldeados, "equiparando-os" aos outros habitantes do Brasil. No entanto, os índios continuavam sendo considerados como incapazes de administrar seus bens, incluindo as terras das aldeias, ficando todo o patrimônio indígena sob custódia do Estado.
A princípio foram os Ouvidores da Comarca que administraram os bens dos índios. A partir de 1833, os Juízes de Órfãos passam a exercer provisoriamente essa função até 1845, quando o Regulamento das Missões cria a Diretoria de Índios.
As questões referentes às terras passam a ser, então, da competência do Diretor Geral de Índios de cada província e a administração dos bens fica sob a ação conjunta do diretor geral e dos diretores parciais de cada aldeia, que também cuidavam da organização dos trabalhos dentro e fora dos aldeamentos, zelando pela sua remuneração.
A usurpação das terras
A nomeação de diretores também não garantiu a preservação das terras das aldeias, como ilustra muito bem o caso da aldeia de São Pedro de Cabo Frio, que teve um diretor designado em novembro de 1846. Nessa mesma época, foram registrados aproximadamente a invasão de 1.500 intrusos, que apossaram-se dos terrenos dos índios, deixando mais de 400 deles dispersos pelas terras de sua própria aldeia usurpadas pela população local. As próprias Câmaras Municipais contribuem para o processo de espoliação das terras indígenas, incorporando-as ao patrimônio municipal. No século XIX, muitas dessas aldeias já haviam se transformado em povoados e vilas, restando apenas 15 delas abrigando o que sobrou da população indígena.
