A colonização portuguesa não se realizou de forma pacífica. Os índios Goitacá, em Campos, por duas vezes destruíram a povoação e os engenhos de açúcar construídos em seu território, obrigando o donatário Pero de Góes a abandonar a região. (1545)
Os Tamoio ou Tupinambá (Família Tupi), que ocupavam a região do Rio de Janeiro até Ubatuba, grandes guerreiros, formaram uma confederação de tribos, a Confederação dos Tamoios que, aliada aos franceses durante dez anos (1555-1565), ameaçaram o povoamento português das capitanias do sul. Só foram derrotados após várias ações de governadores gerais, com reforço do Espírito Santo e São Vicente e dos índios Temiminós, liderados por Araribóia, aliados dos portugueses que viviam na Baía de Guanabara.
Os franceses foram expulsos e os índios Tupinambá tiveram suas aldeias destruídas e suas terras ocupadas e distribuídas entre portugueses. Os que conseguiram sobreviver, fugiram para além da Serra do Mar.
Como recompensa, Araribóia, líder dos Temiminós, obteve da Coroa Portuguesa as terras onde hoje fica situada a cidade de Niterói. Apesar de aliados, foram sendo progressivamente expulsos da região pelos próprios colonos portugueses. Seus últimos remanescentes sobreviveram em grande miséria até o século XIX, na aldeia de São Lourenço.
