. O padroado régio .
Havia uma estreita relação entre o clero e o poder real no que concerne à organização administrativa. As Freguesias ou Paróquias no Brasil Colônia e Império eram subordinadas aos bispados e criadas por decreto real, o qual era um alvará.
Essa prerrogativa régia existia por força de bulas pontifícias. O poder real sobre a organização eclesiástica das dioceses e as paróquias deveria ter, como contrapartida, a sua manutenção e o auxílio na propagação da fé nas terras que lhes pertencessem (o denominado padroado régio).
O padroado régio, ao estabelecer nexos de interdependência entre a Igreja e o Estado, ligava de maneira visceral as missões ao projeto colonial, dando ao Rei de Portugal plenos poderes religiosos.
Esse sistema trouxe incontáveis embaraços: muitas vezes foram recolhidos tributos bastante onerosos a título de dízimos* da igreja sem que fossem levadas a termo as promessas solenes de sustentação do culto. Isso constituía, evidentemente, um dano à a imagem da Igreja.
Sonia Regina
* adj. A décima parte. / Imposto que consistia no pagamento, à igreja ou à nobreza, da décima parte dos frutos colhidos.
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"Até meados do século XVIII, o Estado controlou a atividade eclesiástica na colônia por meio do padroado. Arcava com o sustento da Igreja e impedia a entrada no Brasil de outros cultos, em troca de reconhecimento e obediência. O Estado nomeia e remunera párocos e bispos e concede licença para construir igrejas.
(...)
Em 7 de janeiro de 1890, logo após a proclamação da República, é decretada a separação entre Igreja e Estado. A República acaba com o padroado, reconhece o caráter leigo do Estado e garante a liberdade religiosa. "
FONTE:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Catolicismo_no_Brasil
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A título de ilustração, um alvará emitido em 1796: o decreto de criação da Paróquia de Nossa Senhora da Penha, em São Paulo.
“Eu a Rainha, como Governadora, faço saber a vós, Reverendo Bispo de São Paulo, no meu Conselho, que em consulta do meu Tribunal da Mesa de Consciência e Ordens me foi presente a representação, que me fizestes, sobre a extensão que compreende a Freguesia da Sé, deste Bispado, de sete léguas por uma parte e quatro por outra, compondo-se de perto de onze mil pessoas, de confissão, das quais morriam muitas sem sacramento, por não poder o Cura administrar-lhes a tempo em tão grande distância. Pedindo-me fosse servida conceder-vos faculdade para dividir a freguesia da Sé ficando competindo uma parte, e reconstituindo as outras duas, uma no bairro de Nossa Senhora do Ó, que fica além do rio Tietê, outra em Nossa Senhora da Penha até o bairro do Pilar, que é a parte mais remota da Catedral, e que aos Párocos destas assina-se côngrua pela Minha Real Fazenda. E visto o parecer do Meu Tribunal e resposta do Procurador Geral das Ordens: Dei por bem conceder-vos faculdade para dividir em três a sobredita Freguesia, ficando uma na Sé, outra no bairro de Freguesia do Ó, além do Rio Tietê e a terceira em Nossa Senhora da Penha até o Bairro do Pilar, cuja faculdade vos concedo somente para a dita Freguesia e não para outra, que não podereis sem licença Minha, como Grão Mestra, a quem privativamente compete esta jurisdição, na carta desta Divisão do Curato e Freguesia da Sé sereis obrigado a fazer incorporar este alvará, o qual mandarás, também, registrar na Vossa Câmara Episcopal para guarda, conservação do direito da dita ordem. Os vigários das duas freguesias novamente criadas e divididas do Curato da Sé na forma referida terão côngrua anual de duzentos mil réis pagos pela minha Real Fazenda dessa Capitania, e serão apresentados por Mim, como são e devem ser indistintamente os párocos de todas as Igrejas desse Bispado e este alvará se cumprirá sendo passado pela Chancelaria da Ordem. E se passou por duas vias de que uma só tem efeito.”
Lisboa, 15 de setembro de 1796.
Príncipe e Conde de Valde Rios, Presidente