Alguns aldeamentos foram formados por índios que habitavam a própria região, como é o caso da aldeia de São Pedro de Cabo Frio, fundada por jesuítas na primeira metade do século XVII, que agrupou índios Tupinambás e Goitacás, aos quais se juntaram mais tarde os índios Guarulhos.
Os índios Guarulhos, descidos da Serra dos Órgãos, foram distribuídos também entre outras três aldeias próximas ao litoral: Nossa Senhora das Neves, em Macaé, Sacra Família de Ipuca, em área do atual município Silva Jardim, e Santo Antônio, em Campos.
Muitas aldeias indígenas criadas no período colonial foram extintas, sobretudo na segunda metade do século XVIII, em conseqüência das medidas adotadas pelo Marquês de Pombal, à frente do Governo de Portugal, como ministro todo-poderoso de D. José I. Nessa época, o trabalho das populações indígenas foi organizado pelo denominado "Diretório", usado primeiramente no Pará e Maranhão e com seu raio de ação ampliado posteriormente para outras regiões do Brasil. O "Diretório" acabava com o poder temporal que os missionários tinham sobre os índios e determinava que as aldeias deviam ser governadas por um diretor, responsável pela repartição dos índios. Previa, entre outras medidas:
Os índios Guarulhos, descidos da Serra dos Órgãos, foram distribuídos também entre outras três aldeias próximas ao litoral: Nossa Senhora das Neves, em Macaé, Sacra Família de Ipuca, em área do atual município Silva Jardim, e Santo Antônio, em Campos.
Muitas aldeias indígenas criadas no período colonial foram extintas, sobretudo na segunda metade do século XVIII, em conseqüência das medidas adotadas pelo Marquês de Pombal, à frente do Governo de Portugal, como ministro todo-poderoso de D. José I. Nessa época, o trabalho das populações indígenas foi organizado pelo denominado "Diretório", usado primeiramente no Pará e Maranhão e com seu raio de ação ampliado posteriormente para outras regiões do Brasil. O "Diretório" acabava com o poder temporal que os missionários tinham sobre os índios e determinava que as aldeias deviam ser governadas por um diretor, responsável pela repartição dos índios. Previa, entre outras medidas:
- A proibição do uso nas aldeias de qualquer língua que não fosse o português.
- A obrigatoriedade de toda aldeia possuir uma escola, com um mestre para os meninos e outro para as meninas.
- A proibição da nudez e das habitações coletivas.
- A criação de sobrenomes portugueses para os índios.
- O incentivo ao processo de mestiçagem.
- A transformação de muitas aldeias em povoações e vilas.
A Política Pombalina, procurando assimilar definitivamente os índios aldeados, incentivou a presença de brancos nas aldeias para acabar o que se considerava como "odiosa separação entre uns e outros", modificando dessa forma sua composição e interferindo na própria posse da terra.
Em 1761, por exemplo, a aldeia da Sacra Família de Ipuca recebeu imigrantes europeus, cumprindo assim uma das determinações pombalinas. Eram eles colonos suíços e alemães que tinham vindo inicialmente com o grupo de colonização de Nova Friburgo .
Contudo, não foram somente indivíduos brancos que coabitaram com os índios neste aldeamento, mas também negros e mestiços. Nessa época, o próprio capitão-mór da aldeia de Ipuca, índio responsável pela intermediação entre o governo luso-brasileiro e o aldeamento, era casado com uma negra escrava, criando uma situação constrangedora, já que seus filhos seriam cativos como a mãe, apesar da abolição da escravidão indígena.
A Aldeia de São Barnabé, situada na região de Itambi, hoje distrito do municipio de Itaboraí, em 1772 assistiu a uma revolta dos índios contra as péssimas condições de vida e contra o trabalho forçado. Neste mesmo ano, foi elevada à categoria de Vila, recebendo o nome de São José D'El Rei, da mesma forma que muitas outras.
Houve ainda um reordenamento na divisão administrativa da igreja católica, com conseqüências sobre os aldeamentos. A expulsão de todos os jesuítas do Brasil modificou a ação missionária de catequese, transformando os índios em paroquianos. As igrejas, antes administradas pelos missionários, ficaram a cargo de padres seculares. Assim, as igrejas de São Lourenço e São Francisco Xavier de Itaguaí, por exemplo, tornaram-se paróquias encomendadas, título conferido igualmente às igrejas dos demais aldeamentos do litoral fluminense.
Em 1761, por exemplo, a aldeia da Sacra Família de Ipuca recebeu imigrantes europeus, cumprindo assim uma das determinações pombalinas. Eram eles colonos suíços e alemães que tinham vindo inicialmente com o grupo de colonização de Nova Friburgo .
Contudo, não foram somente indivíduos brancos que coabitaram com os índios neste aldeamento, mas também negros e mestiços. Nessa época, o próprio capitão-mór da aldeia de Ipuca, índio responsável pela intermediação entre o governo luso-brasileiro e o aldeamento, era casado com uma negra escrava, criando uma situação constrangedora, já que seus filhos seriam cativos como a mãe, apesar da abolição da escravidão indígena.
A Aldeia de São Barnabé, situada na região de Itambi, hoje distrito do municipio de Itaboraí, em 1772 assistiu a uma revolta dos índios contra as péssimas condições de vida e contra o trabalho forçado. Neste mesmo ano, foi elevada à categoria de Vila, recebendo o nome de São José D'El Rei, da mesma forma que muitas outras.
Houve ainda um reordenamento na divisão administrativa da igreja católica, com conseqüências sobre os aldeamentos. A expulsão de todos os jesuítas do Brasil modificou a ação missionária de catequese, transformando os índios em paroquianos. As igrejas, antes administradas pelos missionários, ficaram a cargo de padres seculares. Assim, as igrejas de São Lourenço e São Francisco Xavier de Itaguaí, por exemplo, tornaram-se paróquias encomendadas, título conferido igualmente às igrejas dos demais aldeamentos do litoral fluminense.
